Die 2. Staffel

In der zweiten Staffel der Serie hat sich einiges verändert: Kanzler Sheppard hat die Duellakademie verlassen. Dr. Crowler hat die Leitung übernommen, sein neuer Vizekanzler ist der ebenso extravagante Bonaparte. Die beiden sehen sich mit dem Problem konfrontiert, dass die Akademie immer mehr an Popularität verliert und versuchen nun Duellprofis anzuwerben.

Auch Zanes Debüt als Duellprofi ist alles andere als positiv. Nicht nur, dass er bei seiner Niederlage wie ein Amateur aussieht, sein erster Gegner Aster Phoenix verwendet auch das gleiche Deck wie Jaden und kündigt darüber hinaus an, sich als Student der Duellakademie einzuschreiben. Nachdem auch Jaden gegen ihn verliert, verschwinden Zane und Jaden spurlos, und während Zane der Finsternis verfällt, erhält Jadens Deck Verstärkung durch Kartenmonster, die er sich als kleiner Junge einmal selbst ausgedacht hat (NeoWeltraumbewohner).

Sowohl Zane, als auch Jaden und Sheppard, kehren schließlich zurück zur Akademie. Der weitere Handlungsstrang wird damit fortgesetzt, dass sich der hellseherische Manager von Aster - Sartorius - die blaue Unterkunft der Duellakademie in eine weiße umwandelt und seine "Gesellschaft des Lichts" gründet. Sartorius zieht immer mehr Duellanten der Akademie auf seine Seite, u. a. auch Chazz, Alexis und Bastion, aber alle kehren später der Organisation den Rücken, und Bastion verlässt die Akademie. 

Mit einem Satelliten im Weltraum will Sartorius die Menschheit erleuchten, doch nach der Niederlage gegen Jaden verliert er seine hellseherischen Fähigkeiten, seine Besessenheit eines bösen Aliens, und der Satellit wird zerstört. Der Gewinner des zwischendrin stattgefundenen GX-Turniers ist Chazz Princeton, wobei Jaden ihm den Turniersieg überließ.