In der dritten Staffel wird die weiße Unterkunft wieder zur blauen. Jaden, Syrus, Alexis und Atticus sind mittlerweile im vorletzten Jahr an der Akademie, und Blair, welche in Jaden verliebt ist, ist jetzt auch an der Akademie. Die Akademie bekommt besuch von Prof. Viper und den besten Duellanten aus anderen Akademien, Jesse Anderson, Axel Brodie, Jim "Crocodile" Cook und Adrian Gecko. Zunächst wird jeder Duellant auf der Insel mit einem "Bio-Band" von Professor Viper ausgerüstet, und er startet die Überlebensduelle. Jaden und seine Freunde lernen die neuen Duellanten durch Duelle besser kennen, bemerken aber auch gleichzeitig die Wirkung der Bio-Bänder, welche die Duellenergie eines Duellanten aussaugt. Sie kommen hinter das Geheimnis von Viper, und er duelliert sich mit Jaden. Viper verliert, und die gesamte Duellakademie wird in eine andere Dimension versetzt.

Dort taucht auch Bastion wieder auf. In der Duellakademie hat sich einiges verändert: Die meisten Studenten der Akademie sind Zombies geworden, u. a. auch Syrus, Chazz und Dr. Crowler. Schuld daran ist die enorme Energieabnahme der Duellanten mit den Bio-Bändern. Der schüchterne und ängstliche Marcel, welcher sich als Bonapartes Sohn herausstellt, wird von einer Seele besessen und reißt die drei Heiligen Ungeheuerkarten an sich. In einem Duell, in dem Jesse zusammen mit Jaden seine stärkste Karte, den "Regenbogendrachen" spielt, besiegen sie Marcel, welcher befreit wird. Er war von "Yubel" besessen, welche Jaden zu kennen scheint. Mit Hilfe des Regenbogendrachen bringt Jesse Jaden, alle Schüler und die gesamte Akademie wieder zurück, doch er bleibt.

Jaden wird von Gewissensbissen geplagt und will Jesse retten. Mit seinen Freunden öffnet er das Tor zur anderen Dimension. Auch Aster, Zane, Dr. Crowler, Echo und Adrian sind mit von der Partie. Alle sind verzweifelt auf der Suche nach Jesse. Jaden verliert Atticus, Alexis, Chazz und Hassleberry im Duell mit dem Herrscher der Finsteren Welt, seitdem ist Jaden wie ausgewechselt, und wird zu seinem bösen Ich, dem "Obersten König" dem neuen, absolut gnadenlosen Herrscher der Finsteren Welt (jap. Haou Judai). Syrus, Jim und Axel wenden sich von ihm ab. Jim verliert das Duell gegen Jaden, aber mit dem "Auge von Orichalcum", das er Axel übergibt, besiegt Axel ihn und bekehrt ihn wieder zur guten Seite, aber Axel verliert auch sein Leben. Gemeinsam machen sich Jaden, Syrus, Aster, Zane, Dr. Crowler und Echo auf den Weg, um Jesse weiter zu suchen. 

Sie treffen Adrian, der alles daran setzt, mit Exodia der neue Herrscher der anderen Dimension zu werden, was dazu führt das er Echo für seine Zwecke opfert. Aster opfert sein Leben im Duell, damit Jaden und Co. entkommen können. Der Rest der Gruppe findet Jesse, der aber von Yubel besessen ist. Zane verliert im Duell mit Jesse, aufgrund seiner Finsternis im Herzen (was als ein starkes Herzleiden dargestellt wird) sein Leben. Wenig später wird auch Adrian von Jesse besiegt und in die Finsternis geschickt. Inzwischen verkündet Bastion, zusammen mit der ehemaligen Schattenreiterin Tania, in der Dimension zu bleiben. 

Jaden tritt nun gegen Jesse an und kann ihn schlagen und retten, aber nun beginnt das wahre Duell gegen Yubel. Aufgrund ihrer unzertrennlichen Freundschaft in der Antike, fusioniert Jaden letztendlich mit "Super-Polimerisation" sich und Yubel. Alle, die man für tot hielt, erscheinen nun durch Yubel wieder in der Duellakademie, ausgenommen Jaden, Bastion und Adrian. Jaden kehrt zwar wieder zurück, doch ist er nicht mehr derselbe, was sich auch dadurch bemerkbar macht, dass er so gut wie nie lächelt.