Die 4. Staffel

In der letzten Staffel befinden sich die Hauptcharaktere in ihrem Abschlussjahr, ausgenommen Hassleberry und Blair. Durch die Verschmelzung mit Yubel ist Jaden vom Kind zum Erwachsenen geworden. Ein neuer Student taucht auf, welcher sich als Yusuke Fujiwara ausgibt, und alle manipuliert, ihn zu kennen. Doch bei Jaden funktioniert der Trick nicht. Gleichzeitig taucht auch ein neuer mysteriöser Gegner auf: Trueman, welcher sich auch Mr. T nennt. 

Er ist hinter Yusuke her, aber seine wahren Ziele sind noch unbekannt. Auch Zane kehrt zurück, doch immer noch sehr geschwächt von der Finsternis in seinem Herzen, er übergibt seinem kleinen Bruder sein altes Deck und will sich ein neues bauen. Später stellt sich heraus, dass Yusuke nicht Yusuke ist, sondern Honest, sein Duellgeist, auf der Suche nach seinem Meister. Trueman fordert Jaden einige Male heraus, zieht aber immer den kürzeren. Nach einiger Zeit lässt Mr. T zunächst einige Studenten der Akademie, dann alle Menschen in Domino verschwinden, am Ende sind nur noch Atticus, Jaden und Jesse auf der Welt. 

Es stellt sich heraus, dass hinter Trueman der wahre Yusuke, welcher von Nightshroud kontrolliert wird, steckt. Durch einen Trick besiegt er Atticus, und nun duellieren sich Jaden und Jesse gegen ihn. Jaden kann ihn schlagen und ihm die Finsternis entziehen, sein wahrer Feind ist Nightshroud, die Finsternis, die die ganze Zeit in der Maske steckte und auch Atticus und Yusuke manipulierte. Jaden schafft es, die Menschheit zurückzubringen, Nightshroud auszulöschen und so die Welt der Finsternis zu entziehen. Nun steht die große Gratulation bevor. Jaden setzt sich von den anderen ab und nimmt nicht an der Feier teil. 

Der geflügelte Kuriboh führt ihn zu den "König der Spiele" Yugi Muto, der ihn auf eine Reise in die Vergangenheit schickt, auf der er das, was er verloren hat, wiederfinden soll. Yugi und Jaden duellieren sich, während des Duells findet Jaden wieder, was er bei den ganzen anderen Duellen verloren hat, und das Duell ist vorbei. Jaden findet sich in der Wüste wieder und macht sich auf die Suche nach einem neuen Abenteuer mit Banner und der Katze Pharao. Hier endet Yu-Gi-Oh! GX.